Stávající odvodňovací systém Strahovského tunelu není plně funkční. Na vozovce se často objevují mokrá místa, a vzniká tak nebezpečí námrazy v zimním období. Průsaky rovněž nepříznivě ovlivňují životnost vnitřních konstrukcí a vybavení tunelu. Z tohoto důvodu bylo v roce 2008 rozhodnuto vybudovat pod oběma tunelovými troubami Strahovského tunelu odvodňovací štolu, která vytvoří pod tunely depresní kužel hladiny podzemní vody a tím dojde k odvodnění vozovek v obou tunelových rourách. Řešení využívá obdobného principu, jako tzv. dědičné štoly pod středověkými doly.
Odvodňovací štola je situována do osy mezi střední a západní tunelovou troubu 9 metrů pod niveletou tunelů. Štola byla vyražena přibližně do poloviny celkové délky tunelu, celková délka včetně štoly přístupové činí 750 metrů. Výhledově se počítá s jejím prodloužením až k severnímu portálu. Kolmo na osu štoly bylo vyraženo celkem 5 jímacích štol pod nejvíce zvodnělými místy, každá o délce 23 metrů. Šířka výrubu štoly je až 3,7 m, výška až 3,92 m.
